НДС у таких компаний нет по статье 145.1 НК РФ. Льгота действует 10 лет.
Освобождение участников проекта от обязанности составлять счета-фактуры статьей 145.1 НК РФ не предусмотрено.
Счета-фактуры надо выставлять клиентам, причем всем.
В графе 7 «Налоговая ставка» и в графе 8 «Сумма налога, предъявляемая покупателю» вносится запись «без НДС».
В статье 168 НК РФ есть норма (пп. 1 п. 3), позволяющая не выставлять счета-фактуры, если клиенту они не нужны, и он дал письменное согласие. Но для «Сколково» эта норма не применяется.
Такое разъяснение дает Минфин в письме от 12.12.2022 № 03-07-09/121692.
Минфину также задали вопрос, можно ли не выставлять счета-фактуры, если компания из Сколково реализует программы из реестра российского ПО. По ним идет льгота по ст. 149 НК РФ. А по льготе из ст. 149 НК РФ счета-фактуры не выставляют. Но Минфин на этот вопрос не ответил.